Indicateur | Gestion des milieux aquatiques et humides

Les milieux aquatiques et humides constituent des écosystèmes fragiles qui subissent de nombreuses pressions (dégradations, détériorations, destructions) ayant un impact notable sur les espèces faune et flore. L'indicateur "Gestion des milieux aquatiques" produit par l'Observatoire permet d'en apprendre davantage sur les politiques sur l'eau, illustre par cartographies les contrats territoriaux et les SAGE en région, indique les montants investis par les agences de l'eau sur la restauration des cours d'eau et des zones humides.

La préservation et la restauration des milieux aquatiques et humides est primordiale pour assurer le maintien d'une ressource en eau de qualité et en quantité. Par des usages inappropriés (pollutions, dégradation, artificialisation), ces milieux sont aujourd'hui menacés.

Les politiques visent le bon état des eaux et orientent leurs financements sur la restauration des milieux aquatiques et humides. La Directive cadre sur l'eau (DCE) est issue du droit européen et a été adoptée en 2000. Elle vise la protection et la reconquête de la qualité des eaux et des milieux aquatiques. La DCE est liée à plusieurs politiques fondatrices françaises sur l’eau.

De ces politiques fondatrices découlent les grands principes sur lesquelles est fondée la politique de l’eau en France : gestion décentralisée au niveau des bassins versants, approche intégrée,  gestion concertée, instruments économiques incitatifs, planification et programmation pluri-annuelles.

En local, sous l’impulsion des acteurs du territoire, la gestion intégrée par bassin versant peut se décliner :

• En SAGE : outil de gestion et de planification locale de l’eau qui vise une gestion équilibrée et durable de la ressource en eau.
• En contrat territorial : outil d’intervention des agences de l’eau qui permet de mobiliser des financements pour l’eau. Il consiste en un programme d’actions (travaux, actions, animations) sur un territoire hydrographique cohérent pour restaurer les cours d’eau et les zones humides, et lutter contre les pollutions diffuses.

L’élaboration d’un SAGE se déroule en 4 étapes :

1. Émergence : phase de consultation des acteurs après décision de monter un SAGE. Elle donne lieu à une évaluation de la pertinence du projet et à un dossier préliminaire soumis à la préfecture.
2. Instruction : il est proposé un périmètre du SAGE. Celui-ci est soumis à la validation des collectivités concernées puis validé par arrêté préfectoral. Des réflexions s’engagent sur la composition de la Commission locale de l’eau (CLE), qui est l’assemblée délibérante, et sur le choix de la structure porteuse.
3. Élaboration : la préfecture prend l’arrêté de composition de la CLE, qui rédige alors les différents documents du SAGE. Ces derniers comprennent un état des lieux et des risques, une définition des objectifs et une évaluation environnementale. Le SAGE est soumis à enquête publique puis approuvé par arrêté préfectoral.
4. Mise en œuvre : il s’agit de l’application des actions sur le territoire permettant de répondre aux enjeux et objectifs visés par le SAGE. Les SAGE sont mis en œuvre par un animateur ou une animatrice dédié·e. Il peut faire l’objet d’une révision.

Les contrats territoriaux (CT) sont portés par les structures qui ont la compétence « gestion des milieux aquatiques et prévention des inondations » (Gemapi), comme les Établissements publics de coopération intercommunale (EPCI), ou les syndicats de rivières. Sur la carte ci-contre sont illustrés les contrats territoriaux par état d’avancement (en cours, en renouvellement, en 1ère élaboration) et par thématique :

• La thématique « milieux aquatiques », désigne des programmes d’actions dédiés à des travaux de restauration de cours d’eau et de zones humides (reméandrage des cours d’eau, création de frayères, restauration de la continuité écologique, ouverture du milieu...),
• La thématique « agricole », désigne des programmes d’actions visant à réduire voire supprimer, les pollutions diffuses générées par l’activité agricole (problématiques pesticides et nitrates).

On entend communément par "restauration" les travaux réalisés dans les cours d'eau et les milieux humides pour leur redonner une fonctionnalité écologique : 

• Les travaux de restauration des cours d’eau comprennent des actions de reméandrage du lit mineur, retalutage des berges, recharge granulométrique (diversification des habitats du fond de la rivière en y ajoutant des cailloux, graviers, rochers de différentes tailles), mise en place de banquettes, plantation et restauration de ripisylve. En effet, le lit, les berges, la pente et la végétation qui composent le cours d’eau, sont des éléments essentiels à la diversité des espèces associées au milieu car elles assurent le rôle de niches écologiques nécessaires aux étapes de leur cycle de vie.
• Les travaux de restauration des milieux humides correspondent à des interventions sur la végétation : déboisement, broyage de zones embroussaillées, mise en place de pâturages pour réouvrir un milieu, et/ou d’interventions hydrologiques (suppression de drain, ...), pour remettre en eau un milieu asséché artificiellement (pour des raisons de cultures ou d'urbanisation). Les milieux humides abritent une diversité extrêmement riche d’espèces végétales et animales et assurent de nombreuses fonctions (auto-épuration, écrêtage des crues). Ces travaux doivent permettre le rétablissement du bon fonctionnement de ces milieux.

Depuis une dizaine d'années, les actions de restauration ont évolué en passant de simples restaurations de berges et de ripisylves à des actions lourdes et ambitieuses comme le reméandrage. On peut alors parler plus spécifiquement de renaturation.

Les actions de restauration sont soutenues financièrement notamment par les agences de l’eau. Le graphique ci-contre montre les km de cours d’eau concernés par des subventions de l’agence de l’eau Seine-Normandie et de l’agence de l’eau Loire-Bretagne, pour des actions de restauration en Centre-Val de Loire.

Sur l’année 2020, 1,4 millions d’€ ont été attribués à ces travaux sur 90 km de cours d’eau.

Les agences de l’eau peuvent financer des acquisitions de zones humides avec d’autres partenaires, et mettre en place une convention de gestion pour assurer la protection et l’entretien du milieu, comme ce fut le cas en 2019 entre l’AESN et le Conservatoire d’espaces naturels du Centre-Val de Loire, pour 57 ha de zones humides.

En 2020, près de 96 000 € ont ainsi été dédiés, par les 2 agences de l’eau à l’acquisition de 21 ha de zones humides.

17 millions d'euros d'aides de l'AESN et de l'AELB investis dans la restauration de cours d'eau depuis 2007

4,2 millions d'euros d'aides investis par l'AESN et l'AELB dans l'acquisition de zones humides depuis 2008

Globalement, les actions de restauration sur les cours d’eau évoluent, et pour en mesurer pleinement l’impact au niveau national, le projet des « Sites de démonstration » de l’Office français de la biodiversité (OFB) a été mis en place. Ces sites de démonstration visent un double objectif, scientifique (accumulation de la connaissance) et opérationnel (guide des bonnes pratiques en génie écologique). Le programme LigérO permet lui, le suivi des travaux sur les milieux humides sur le territoire Loire-Bretagne.

Les milieux aquatiques et humides sont des milieux menacés par les pollutions et la dégradation. Leur préservation est essentielle pour conserver leurs fonctionnalités et les services écosystémiques qu’ils rendent.

Actuellement, sur les 10 000 km de cours d’eau que compte le Centre-Val de Loire, plus d’1/4 ont bénéficié de travaux de restauration. Depuis une dizaine d’années, les actions de restauration  ont évolué, en passant de simples restaurations des berges et de la ripisylve à des actions lourdes et ambitieuses pour la qualité de l’eau et des habitats, telles que des opérations de restauration du lit mineur, de reméandrage des cours d’eau, etc.

Pour les milieux humides, la donnée de recensement des surfaces totales en région manque. Il n’est donc pas possible de réaliser une cartographie régionale de ces milieux, ni de suivre l’évolution de leur état. À dire d’experts, les 1 000 ha acquis avec les financement des agences de l’eau semblent une protection encore faible par rapport à la menace qui pèse sur ces milieux. Les chiffres nationaux informent en effet qu’entre 1960 et 1990, 50% des zones humides du territoire métropolitain ont disparu (source : rapport du comité interministériel de l’évaluation des politiques publiques, 1994).

Face à ces enjeux, les acteurs en région s’engagent dans différents plans d’actions. Les pollutions ponctuelles d’origines industrielles étant contenues à l’échelle des agences de l’eau, ces dernières orientent leurs financements sur la restauration des milieux aquatiques et humides, pour contribuer à atteindre les objectifs de bon état des eaux. Les programmes d’intervention et les montants d’aides sont donc plus importants sur ces volets de restauration.

En région

En Centre-Val de Loire, de forts enjeux sont identifiés sur les déficits hydrologiques (plus accrus dans un contexte de changement climatique et d’augmentation des prélèvements), sur la continuité écologique et sur les pollutions diffuses. Pour l’atteinte du bon état des eaux, il est important d’intervenir sur tous les paramètres, car ils interagissent entre eux. Par exemple, les obstacles à l’écoulement (seuils, digues, barrages, ponts) amplifient l’eutrophisation (induisant une hausse des températures, une baisse de l’oxygénation...). Ainsi, en menant des actions de restauration de la continuité écologique, on contribue aussi à la bonne qualité des eaux.

En France

À l’échelle nationale, la Stratégie Nationale pour la Biodiversité, lancée en 2021 intègre le plan national d’action en faveur des milieux humides. Les objectifs du plan sont revus à la hausse, guidés par le rapport à l’intention du Ministère de la transition écologique « Terres d’eau, terre d’avenir », dédié à la régression des milieux humides. Les milieux humides du fait de leur importance, font également l’objet d’une convention mondiale, la convention de Ramsar, adoptée en 1971 (la prochaine conférence des parties aura lieu en novembre 2022). Elle engage les pays membres à la conservation des milieux humides ; la France compte ainsi 52 sites Ramsar (données oct. 2021) dont un en Centre-Val de Loire : la Brenne.